建国初期，郑振铎任文化部文物局局长。文物局的办公地点也是一个文物——北海团城。老北京有句俗话:“先有团城，后有北京城。”因为团城建于金代，后来的北京城则始于明朝永乐年间。团城是一座世界闻名的最小的古城堡，文物价值不言而喻。
　　大约在1954年前后，有关方面出于改造交通环境的动机，打算拓宽北海和中南海之间的石桥路面，团城在计划拆除之列。得到这个消息后，文物局上下一片哗然，局长郑振铎更是寝食难安。他找来多位古建专家研究来研究去，加宽桥面又不拆除团城，只能是将桥面向南拓宽——但那里是中南海，这个唯一的办法并非郑振铎和专家们所能决定得了的。
　　毛泽东当年在延安曾对黄炎培说:“文物的事情找郑振铎。”新中国成立后，周恩来总理亲委郑振铎以文物局长的重托。现在要保住团城，必须求助于国家领导人。1954年6月，郑振铎直接给周恩来总理写了一份报告，直言陈述了他对保护团城的意见，在文化部长沈雁冰的支持下，以“特急件”直送政务院总理办公室。
　　几天后的一个深夜，郑振铎接到总理办公室的通知:周恩来总理要去团城视察，请他陪同。当夜，郑振铎和王冶秋陪同周恩来绕团城观望一周，最后脚步停在中南海方向。周恩来对郑振铎和王冶秋说:你们放心吧，我已经跟有关方面研究过了，团城的一砖、一瓦、一树、一石都不能动！决定把桥面向中南海湖面上扩展。周恩来还表示，要以政务院的名义，向全国发一个文，今后凡在基本建设中，遇到文物古迹时，必须与有关文物主管部门商议后，才能进行。
　　周恩来离开团城，已是朝霞升起的时刻。郑振铎当天上午召开全局大会，宣布这一“特大喜讯”时，显得格外兴奋，他大声向食堂管理员吩咐:今天中午加一个肉菜，记在我的账上！整整一天，全局笑语欢声，如逢盛典。
　　1955年，由郭沫若领衔，包括沈雁冰、范文澜、吴晗等六人在内，联名给国务院打报告，要求发掘明十三陵中的长陵(永乐皇帝陵)。这份报告拟好后，郭沫若曾拿给郑振铎看，并表示如郑赞同，也请他签名。郑振铎经慎重考虑后，没有在这份报告上签名。他认为以当时人们的文物保护意识、文物保护手段以及科技水平、国家财力等诸多因素，急于发掘长陵是不妥的。同时，郑振铎向周恩来总理另打了一个报告，明确提出自己的意见，并表示如果一定要挖，建议先发掘定陵(万历皇帝陵)，以定陵为试点，总结出经验后，再考虑长陵的发掘。他的理由是，长陵地宫的规模肯定要比定陵大得多，地下的宝藏也会多得多，一旦发掘出来而缺乏妥善的保护办法，后果是不堪设想的。其实发掘定陵，在郑振铎看来，也是一种冒险之举，但以当时“六比一”的形势，郑振铎无论在地位、人数和声势上都处在劣势，也只能不得已而求其次地以守为攻了。
　　周恩来最终采纳了郑振铎的意见。1956年5月，中央决定由郑振铎和吴晗、夏鼐共同主持对定陵的发掘。
　　当初修陵时为防止后人掘墓，地宫的入口是绝对保密的。据说地宫竣工后，所有民夫都被秘密处死。那么，开掘定陵，从哪里下手呢？这是一个难题。有人提出爆破，也有人提出像发掘露天煤矿那样采取“揭顶”的方法……这些方案都因直接威胁地宫的整体结构及里面的文物而被主持者否决。后来，一个民工在午休时头枕的墓砖上发现刻着一些文字模样的东西，经专家辨认，上面刻着的正是修陵人不知处于何种动机而留下的指明墓道方位的文字。这个偶然的发现，使数百年不见天日的定陵地宫，就这样被打开了。
　　定陵发掘之后，郑振铎写了《朱翊钧和他的“地下宫殿”》，当中有这样一段:
　　把深深地埋藏在地下的“宫殿”，使之重见天日，把几百年前很精美的许多工艺品、日常用品再行和我们见了面，这不仅是供给了研究历史的专家们的最可靠的“实物史料”，而且也是使广大人民了解古代艺术品的精美和从前劳动人民的成就，并能从之而对制作新工艺品有很大的参考价值。化无用为有用，让“地下宫殿”和其藏品来为今天的人民服务，那就是我们发掘朱翊钧的“定陵”的意义和作用。
　　面对既成的事实，以及当时的形势，郑振铎也只能这样写了。但是，开掘定陵的负面影响也随之而来，由于缺乏有效的保护手段，地宫中大量精美的丝绸和成匹的织锦，一经出土，即风化变脆，一触即碎。这是许多参与定陵发掘的考古和文博工作者都亲眼目睹的场面。一些金丝楠木制的棺木板散落定陵四周，无人看管，被附近农民搬走打了卧柜。
　　鉴于这些情况的发生，周恩来根据郑振铎的意见，把对长陵的发掘计划，无限期地搁置下来。直至今天，历史已经证明，郑振铎当年不发掘长陵的建议，是非常正确的。